伯豪生物lncRNA芯片服务解决方案

时间:2016-12-19 09:22:14 点击: 【字体: 收藏

      长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度大于200nt的RNA分子。它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。

     伯豪生物针对广大客户的需求,开发出全新的lncRNA芯片,并利用Agilent公司专利的SurePrint技术制造。伯豪lncRNA芯片可检测人,大鼠,小鼠,助您的lncRNA研究一臂之力。


lncRNA研究技术线路



芯片参数



技术特点:

  • 目前市面上探针密度最高的lncRNA芯片产品;

  • 芯片采用Agilent eArray平台设计,使用Agilent SurePrint技术合成,技术重复性高于99%;

  • 覆盖主流数据库所有lncRNA,可同时检测lncRNA和mRNA,并挖掘两者之间的关联;

  • 检出率高:随机引物扩增方式,可同时扩增带Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA,确保更多的lncRNA被检测出来;

  • 提供完整lncRNA芯片数据分析解决方案


数据分析流程



LncRNA与mRNA共表达网络构建

      共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,而构建基因的表达调控网络。通过研究lncRNA与mRNA的共表达关系,研究者可通过分析lncRNA调控能力,获得样本随实验变化的核心调控lncRNA。


备注:红色为lncRNA, 绿色为mRNA。


经典运用案例——黑色素瘤

      黑色素瘤是一种恶性程度极高,占皮肤肿瘤死亡病例的极大部分的常见肿瘤。对黑色素瘤特异性lncRNA的发现及其功能研究有助于对黑色素瘤进行更加精确的诊断和药物开发。

      案例:Leucci E,Vendramin R,Spinazzi M,Laurette P,Fiers M et al. Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON. Nature. 2016 Mar 24;531(7595):518-22.

      本研究通过对TCGA上SNP数据和RNA-seq数据挖掘,找到了黑色素瘤特异性lncRNA-SAMMSON。生物信息学分析和验证表明SOX10可直接调控其表达。基因敲降等实验验证SAMMSON影响黑色素瘤细胞的生存能力。此外,通过体外和肿瘤移植模型实验表明,SAMMSON可以和p32互作,在线粒体中影响肿瘤的致瘤性。该研究为理解lncRNA-SAMMSON在黑色素瘤中的调控机制提供了理论基础。



a. SAMMSON黑色素瘤样本DNA拷贝数结果。

d. SAMMSON在黑色素瘤样本中特异性高表达。

e. 不同组织和细胞样本验证SAMMSON特异性表达。


经典运用案例——乳腺癌

      乳腺癌是一种常见的肿瘤,同时,乳腺癌也是一种极易复发和发生转移的恶性肿瘤。上皮细胞到间质细胞的转化(EMT),是发生肿瘤转移的重要因素之一。Twist,一种b-HLH转录因子,通过下调E-cadherin,对细胞的运动和侵袭起到非常重要的调控作用。寻找和研究Twist调控相关lncRNA有助于我们对肿瘤转移过程的理解,也能为更好的对肿瘤转移进行诊断和治疗提供靶标。

      案例:Hu P,Yang JJ,Hou YX,Zhang HL,Zeng ZY et al. LncRNA expression signatures of twist-induced epithelial-to-mesenchymal transition in MCF10A cells. Cellular Signalling 26 (2014) 83–93.

      该研究利用高通量lncRNA芯片(由上海伯豪生物技术有限公司提供)筛选和生物信息学分析,找到了在Twist过表达下差异表达lncRNA和mRNA。通过后期功能的验证,找到了肿瘤细胞迁移相关转录因子Twist诱导的EMT过程相关lncRNA和mRNA,为我们理解肿瘤转移过程中,Twist通过影响lncRNA而调控EMT过程提供了理论基础。



Twist调控lncRNA影响EMT作用模式图


经典案例——乳腺癌干细胞

      本研究是上一篇研究的衍生性工作。在Twist转化细胞系时,研究人员发现Twist影响EMT过程会影响肿瘤细胞干性(CSC)。因此,通过对上述研究芯片结果(由上海伯豪生物技术有限公司提供)进行挖掘和深入验证,找到了由Twist调控,影响乳腺癌肿瘤细胞干性的lncRNA-Hh。

      案例:Zhou M, Hou Y, Yang G, Zhang H, Tu G et al. LncRNA-Hh Strengthen Cancer Stem Cells Generation in Twist-Positive Breast Cancer via Activation of Hedgehog Signaling Pathway. Stem Cells. 2016 ,34(1):55-66.

      本研究发现在转录因子Twist诱导的乳腺癌细胞EMT转化过程与肿瘤干性密切相关。通过芯片筛选和cis/trans靶基因预测与功能分析,该研究发现与Hedgehog通路相关的lncRNA-Hh可直接靶定GAS1,进而激活该通路。进一步的实验表明,lncRNA-Hh增强SOX2和OCT4的表达,维持CSC特性和肿瘤致瘤性。该研究为理解Twist调控乳腺癌过程中lncRNA的角色提供了理论基础。



LncRNA-Hh促进乳腺癌肿瘤致瘤性


上海伯豪lncRNA芯片发表文献

  • LncRNA-Hh Strengthen Cancer Stem Cells Generation in Twist-Positive Breast Cancer via Activation of Hedgehog Signaling Pathway. Stem Cells, 2016 (IF:6.523)

  • The Long Non-Coding RNA ENST00000537266 and ENST00000426615 Influence Papillary Thyroid Cancer Cell Proliferation and Motility. Cell Physiol Biochem, 2016 (IF:2.875)

  • Long Non-Coding RNA Expression Profile in the Kidneys of Male, Low Birth Weight Rats Exposed to Maternal Protein Restriction at Postnatal Day 1 and Day 10. Plos One, 2015 (IF:3.234)

  • Biological characteristics of a new human glioma cell line transformed into A2B5+ stem cells. Mol Cancer, 2015 (IF:5.397)

  • Genome-wide analysis of long noncoding RNA expression profile in papillary thyroid carcinoma. Gene, 2015 (IF:2.082)

  • Analysis of lncRNAs expression in UVB-induced stress responses of melanocytes. J Dermatol Sci, 2015 (IF:3.419)

  • Expression of long non-coding RNA DLX6-AS1 in lung adenocarcinoma. Cancer Cell International, 2015 (IF:2.766)

  • Long Non-coding RNA URHC Regulates Cell Proliferation and Apoptosis via ZAK through the ERK/MAPK Signaling Pathway in Hepatocellular Carcinoma. Int J Biol SCI 2014 (IF:3.168)

  • LncRNA expression signatures of twist-induced epithelial-to-mesenchymal transition in MCF10A cells. Cell Signal, 2014 (IF:4.471)

  • Curcumin enhances the radiosensitivity in nasopharyngeal carcinoma cells involving the reversal of differentially expressed long non-coding RNAs. Int J Oncol 2014(IF:2.773)

  • Identification of long noncoding RNA associated with osteoarthritis in humans. Orthop Surg, 2014.

  • Oncogenic role of long noncoding RNA AF118081 in anti-benzo[a]pyrene-trans-7,8-dihydrodiol-9,10-epoxide-transformed 16HBE cells. Toxicol Lett, 2014 (IF:3.262)


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