Clariom™ D 芯片服务解决方案

时间:2016-12-19 09:21:40 点击: 【字体: 收藏

Clariom™ D 芯片 –human 快速、深入进行全转录组研究新一代芯片


      Clariom D solutions具有前所未有的全面转录组覆盖,提供更深、更广、更精细的转录组信息检测,  适用于不同来源与性质的样品,包含临床来源的样品,是转化研究的首选工具。仅通过一次实验,便可准确检测编码RNA与非编码RNA在基因水平、外显子水平的表达差异以及丰富全面的可变剪切信息。Clariom D solutions为加速生物标记物探索与发现而设计,能够以最快速度获取可执行的结果,实现快速发现、验证更多更全面的生物标记物。Clariom D检测带来全面的覆盖率、稳定的可重复性、深度可执行的RNA标记物。

芯片及服务特点:

  • 探针设计策略

精心独特的探针设计可信赖的编码 RNA、非编码 RNA 中检测基因水平、外显子水平及可变剪切信息。检测其它技术方法不能检测的低丰度和极低丰度转录本。



  •  探针覆盖编码和非编码转录本





适合样本类型:

不仅适用于组织及细胞样本,同样适用于特殊类型样本:

  • 微量样本

  • FFPE 样本

  • 全血样本(有效屏蔽血红蛋白RNA)


与RNA-Seq比较数据:

      对于RNA-Seq,测序的深度以及表达水平都影响精确性;GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0(HTA)无论转录本丰度高低均能提供精确的基因表达数据。

      通过-个线性样本混合物模型( Linear Tissue MixtureModel)评估了所育外显子的表达水 平检测的准确性 ,该 模型根据预先设定的比例混合两个 RNA标准品. y轴是 检测错误或(D-Cν(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation, 平均绝对偏差)的绝对值,其中标准品 A= Universal Human Reference RNA(UHRR) ,AgilentTl hnologies,nI c.; 标准品B= Human Brain Reference RNA (HBRR) ,Life Technologies,n!c.; C=75%A+25% B; D=25%A+75%B。 HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeqT 2000系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.



      RNA- Seq 的准确性取决于测序深度。 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0( HTA)提供了准确的结果 ,真准确性相当于2个Lane的RNA-Seq数据。
      通过一个线性样本混合物模型(Li near Tissue Mixture Model)评估了所有外显子的表达水平检测的准确性 ,该模型根据预先设定的比 例混合两个RNA标准品。 y轴:是检测错误或(D-C)j(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation,平均绝对偏差)的绝对值,其中标准品 A=Universal Human Reference RNA(UHRR) ,Agilent Technologies,Inc. ;标准品B=Human Brain Reference RNA(HBRR) , Life Technologies ,lnc. ; C=75%A+25%B ; D=25%A +75%B. HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeq 2000 系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.



利用Affymetrix Transcriptom Analysis Console ( TAC )软件迦行数据分析.

      可提供更加简便而全面的数据分析:用于选行基因水 平、外显子水平、 可变剪接分析 ;操作简便,只需四步即可进行完整的生物信息 分析;能够更加直观的展示芯片中发现的重要差异基因;并能够发现、区分并展示不同 transcript isoforms ;同时,将结果与公用数 据库链接比对。


新功能:Venn diagrams 维恩图

基因表达交联分析




miRNA-mRNA 关系分析

新功能:区分已验证网络预测网络




信号通路分析

新功能:提供信号通路改变 p value 值



可变剪切分析

新功能:提供可变剪切改变 p value 值



新功能:外显子水平 3D 图

查看外显子水平改变及可变剪切 index value


  • 深入研究转录组谱特征—Clariom D Solution 高速发现编码基因、非编码基因、外显子以及可变剪切信息。

  • 快捷稳定高效进行标记物发现研究—Clariom S solutions轻松快发现鉴定重要注释明确的基因与信号通路。

  • 充分利用临床来源样品—最低可对源自血液等的100pgRNA或源自FFPE样品的500pgRNA进行组学特征谱分析,充分挖掘分子信息。

  • 几分钟内获得可执行的结果—应用易用的TAC软件快速进行数据分析。